Hoewel de Aufun handmatige extractor veel sterke punten heeft, zijn er ook duidelijke beperkingen. Allereerst vereist een tangentiëel model dat je de raten halverwege de extraction omdraait om beide zijden te legen. Dat betekent extra handelingen en tijd: bij grotere volumes of commerciële productie kan dit inefficiënt zijn. Voor imkers die snelheid en minder handwerk willen, is een radiaal of elektrische extractor vaak praktischer.
Ten tweede blijft het feit dat het systeem handmatig wordt aangedreven: langdurig draaien kan inspannend zijn, zeker wanneer je veel raten moet verwerken. Hoewel de krukas soepel is, vergt het fysieke werk enige kracht en uithoudingsvermogen, en is het minder geschikt voor mensen met schouder- of rugklachten. Een mechanische of elektrische motor kan hier een oplossing bieden, maar die ontbreekt bij dit model.
Verder ontbreekt er bij de basisuitvoering een ingebouwde raatontdoener of hitte-element voor het losmaken van gecapped cellen; je blijft afhankelijk van een losse ontzegelvork of -mes en een aparte bak om was en resten op te vangen. Tot slot is het apparaat, ondanks modulariteit, relatief groot en kan het in kleinere ruimtes onhandig zijn, vooral de vier-frame uitvoering. Dit alles betekent dat de Aufun het beste uit de verf komt bij geduldige, kleinere productieomgevingen in plaats van bij grootschalige commerciële bedrijven.