Hoewel de Bosch MES4000 op veel punten overtuigt, zijn er ook aspecten die minder ideaal zijn. Ten eerste is het apparaat behoorlijk omvangrijk en relatief zwaar door de gegoten aluminium behuizing. Voor wie een compacte keuken of beperkte opbergruimte heeft, kan dit een nadeel zijn: de machine neemt aanzienlijke ruimte in en verplaatsen of opbergen vergt moeite.
Een ander punt is het geluidsniveau. Met 1000 watt vermogen komt daar geluid bij en tijdens intensief gebruik, zeker bij harde groenten, is de centrifuge duidelijk hoorbaar. Dit is niet uniek voor dit model, maar wel iets om rekening mee te houden als je vroeg in de ochtend of in een kleine woning sappen wilt maken zonder anderen te storen.
Verder is de reiniging van de zeef, ondanks dat deze electro-gepolijst is en vaatwasbestendig, in de praktijk soms arbeidsintensiever dan de marketing suggereert. Fijn vezelhoudend pulp blijft bij intensief gebruik in de zeefkralen of gaatjes zitten, waardoor je soms met een borstel en warm water handmatig moet schoonmaken om optimale prestaties te behouden. Ten slotte is het keramische mes een technisch voordeel, maar keramiek kan gevoeliger zijn voor beschadiging bij verkeerd hanteren; een harde botsing of vallen kan chippen veroorzaken, dus voorzichtigheid bij gebruik en reiniging is vereist.