Hoewel de Koudpersjuicer veel goede eigenschappen heeft, komen er ook praktische nadelen boven water bij dagelijks gebruik. De voornaamste beperking is de snelheid: koudpersen is van nature trager dan centrifugale methoden. Voor wie in de ochtend snel een glas sap wil hebben, kan dat onpraktisch zijn. De doorvoersnelheid van hele vruchten en groenten kan ervoor zorgen dat je meer tijd moet uittrekken per portie, wat het apparaat minder geschikt maakt voor grote huishoudens of situaties waarbij je in één keer veel sap wilt bereiden.
Een ander aandachtspunt is voorbereiding en onderhoud. Voor vezelrijke groenten moet je vaak voorbewerken (grof snijden) om verstoppingen te voorkomen, en hoewel de onderdelen relatief eenvoudig schoon te maken zijn, blijft het een handigheidje waarvoor geduld nodig is. Er is geen informatie over afwasmachinebestendigheid voor alle onderdelen, dus in de praktijk zul je veel met de hand moeten reinigen om de levensduur te bewaren.
Tenslotte kunnen de afmetingen en het gewicht van het apparaat in beperkte keukens een rol spelen. Het compacte ontwerp is praktisch, maar sommige elementen nemen toch enige kastruimte in beslag. Al met al wegen de nadelen niet zwaar tegen de sapkwaliteit, maar ze zijn relevant voor mensen met weinig tijd, beperkte opbergruimte of wie vaak grote hoeveelheden sap wil maken.